Es wird schon einen Unterschied ausmachen, aber die Frage "Wie viel?" ist nicht so einfach zu beantworten.
"Nachteile" des Schräglaufes hinsichtlich des Verschleißes gibt es an zwei Stellen: Zum einen wird die Flächenpressung am Bolzen der Kette ungleichmäßig, wodurch der Verschleiß höher wird und die Kette eher verschleißt. Zum anderen reiben die Laschen der Kette seitlich an den Zähnen der Ritzel und das Röllchen reibt ebenfalls quer zur Laufrichtung über den Zahn, was die Ritzel eher verschleißen lässt.
Der erste Punkt wird zu einer etwas (?) schnelleren Längung der Kette führen. Der zweite lässt die recht teure Kassette schneller verschleißen. Beide Probleme lassen sich durch gute Pflege (Reinigung + Schmierung) in Ihrer Auswirkung dämpfen. Es ist klar, dass eine von der letzten Regenfahrt noch sandige Kassette stärker darunter leidet, wenn die Kette schräg auf die Zähne eingefädelt werden muss.
Verlässliche Untersuchungen dazu findet man im Internet leider nicht. Meine persönliche Meinung ist, dass die negative Auswirkung sicherlich vorhanden ist und auch eine nennenswerte Größenordnung hat. Aber aufgrund von anderen Effekten (z.B. bei welchem Wetter und welchen Mix von Berg/Ebene man gefahren ist) wird man etwaige Beobachtungen eines unterschliedlichen Verschleißverhaltens im Alltag niemals richtig zuordnen können. dafür müsste man auf einen Versuchsstand gehen und ein Programm ganz gezielt hinsichtlich des Schräglaufes durchführen.
Mir persönlich erscheint einfach eine schräg laufende Kette, wie soll ich sagen, nicht "ästhetisch". "Ästhetisch" in dem Sinne, dass eine schräg laufende Kette ein technischer Makel ist, weil hier ein technisches Element nicht am richtigen Auslegungspunkt betrieben wird (was sich ja auch in der Geräuschkulisse äußert). Dementsprechend halte ich auch den Aspekt des Wirkungsgrades für wichtig, der durch den Schräglauf der Kette vermindert ist. Allerdings muss man auch hier einbeziehen, dass es nicht nur einen Parameter gibt, sondern deren vieler. Angenommen, ich habe zwei identischen Übersetzungen mit unterschiedlich viel Zähnen und unterschiedlichem Schräglauf, dann hat die Kombination mit wenig Schräglauf (z.B. 34/17) gegenüber der Kombination mit viel Schräglauf (z.B. 50/25) hinsichtlich des Wirkungsgrades den Vorteil, dass die Ritzel größer sind.
Ein paar ganz interessante Quellen zum Wirkungsgrad von Antrieben sind:
http://www.g-cog.com/VBMX/spicer.pdf
http://www.ihpva.org/HParchive/PDF/hp50-2000.pdf
http://www.rohloff.de/de/technik/speedhub/wirkungsgradmessung/index.html
In dem ersten Artikel kann man z.B. nachlesen, dass der Schräglauf bei einer Kombination 52/21, TF60 und 100W Leistung etwa 1,2% ausmacht. Nicht viel, wenn es um eine Trainingsausfahrt geht. Wenn man aber bedenkt, wie viel für die letzten paar Gramm Gewichtseinsparung am Fahrrad ausgegeben wird (1% Wirkungsgrad sind bei einem Systemgewicht von 80kg immerhin mit 800g Gewichtseinsparung vergleichbar!) und wie leidenschaftlich z.B. über den Vorteil von Latex-Schläuchuen hinsichtlich des Rollwiderstands diskutiert wird, dann wundert es mich schon etwas, dass über Schräglauf relativ wenig gesprochen wird.