Bei wirklich medizinischen Problemen, kann Dir hier niemand wirklich einen Rat geben.
Und wenn die Ursachen wirklich nur aus Deiner Sitzhaltung her rühren, dann kann man sich auch nur annähern.
Ich mache mal einen Versuch, der aber in gewisser Weise auch nur eine Mischung aus Erfahrung und Spekulation sein kann:
Also wenn Deine Räder dem entsprechen, was Du mit dem sog. "French Fit" gepostet hast, dann sind sie zu groß, vielleicht nicht unbedingt zu lang ( so etwa 57-58cm Oberrohrlänge kannst Du mit 67cm Oberkörper durchaus bewältigen). Ich habe die Maße mal durch den Calkulator gejagt und da kommt beim Competetiv Fit etwas dramatisch anderes heraus: Top Tube Length: 56,4-56,8, seat tube range CC: 56,1-56,6, seat tube range CT: 57,8-58,3...... Dabei belasse ich es mal.
Du hast relativ lange Arme, eher durchschnittlich lange Beine und einen entsprechend langen Oberkörper.
Ich habe so die Vorstellung, dass Du auf einem 58er Rahmen sitzt, mit wenig Überhöhung, dafür relativ viel Länge, oder letzteres genau eben nicht, also sehr aufrecht oder mit stark nach vorn gestreckten Armen, was unter Umständen mit einem weit nach vorne geschobenen Sattel kompensiert wird.
Knie-Probleme aufgrund einer ungenügenden Postions-Einstellung gehen in erster Linie natürlich von der Satteleinstelltung aus. Zu hoch, zu niedrig und eben horizontal zu weit vorne oder zu weit hinten. Nicht zuletzt macht auch die Stellung der Cleats einiges aus.
Überprüfe zuerst die Cleats, ob die Dich in eine für Dich unbequeme Stellung bringen, also im Zweifel eine unkommode Position auf den Pedalen durch verdrehen der Kniegelenke zu kompensieren suchen.
Dann Sattelhöhe: Nicht ganz durchgestreckt, aber hoch genug, um Druck auf die Pedale zu bringen und den Muskel ordentlich strecken zu können.
Horizontale Position: Knielot hin oder her: Wenn Du die Möglichkeit hast, das Rad einzuspannen setz den Sattel soweit nach vorne oder hinten, dass Du spüren kannst, dass die Knie kein Ärger mehr machen. Dabei zu beachten: Je weiter nach vorne der Sattel gestellt wird, umso effizienter ist die Kraftübertragung, aber auch um so mehr Gewicht wird auf die Arme verlagert. Der Oberkörper sollte schon durch sich selbst gehalten werden können und nicht abgestützt werden müssen.
Du schreibst, dass Du schief auf dem Rad sitzt: Auch hier: medizinische Ursachen sind woanders abzuklären. Die schiefe Körperhaltung kann natürlich auch daher rühren, dass widerum eine wenig optimale Haltung kompensiert wird, eine Art "Schonhaltung" eben.
Mit Deinen relativ langen Armen kannst Du eigentlich eine recht große Überhöhung fahren, ohne dass der Oberkörperwinkel dramatisch flach wird. Mehr Überhöhung kann, auch wenn das seltsam klingt, durchaus entspannend sein.
Wenn man sich dagegen "einklemmt", also zu kurz und / oder mit zu wenig Überhöhung fährt und der Körper schlicht nicht genug Platz findet, sucht der sich den eben: Man stellt die Arme nach außen, bei Ermüdung sitzt man dann auch mal schief oder anderes. Stellst Du die Arme weit nach vorne, bei immer noch wenig Überhöhung, kann es passieren, dass man die Schultern einseitig oder beidseitig nach vorne zieht, weil die irgendwann lahmen Arme ja noch an den Lenker kommen müssen.
Wie gesagt, alles nur Spekulation aufgrund von Erfahrungen, auch unter der Voraussetzung, dass Deine angegebenen Maße der Realität entsprechen.