Der Ladestrom sollte hier auch keinen Unterschied machen, denn der Akku vom MP3-Player wird so klein sein dass eh nicht mit mehr als 500mA geladen wird, was beide Versorgungsvarianten ja bestimmt liefern. Da Li-Akkus im CC-CV Verfahren geladen werden ist das eigentlich auch sonst egal. Der Akku wird mit maximalem Strom (begrenzt von der Ladeelektronik im Gerät, nicht der Versorgung!) geladen bis er 4,2V erreicht, anschließend werden die 4,2V bei sinkendem Strom gehalten bis der Ladestrom auf < 0,1C gefallen ist.
Woher der Unterschied kommt lässt sich so nicht erklären, außer damit dass da irgendwas nicht zusammenpasst oder defekt ist. Wenn das Thema dich interessiert würde ich mir ein USB-Multimeter mit mAh-Messung besorgen (~10€ bei Amazon) und erstmal prüfen ob es wirklich einen messtechnisch nachvollziehbaren Unterschied gibt.