Ich nehme mal an, dass die Di2 funktioniert, also ein interner Akku vorhanden ist.
Normalerweise ist dieser schon, wie du auch schreibst, in der Sattelstütze eingeschoben. Kann mir wegen dessen Größe (Länge) auch keinen anderen Platz am Rennrad vorstellen.
Steckt er vielleicht ganz unten im Sattelrohr?
Wenn du von oben reinleuchtest mit einer Taschenlampe siehst du ihn eventuell, ist halt schwarz, daher schlecht zu erkennen. Ansonsten kannst du auf das Tretlager-Gehäuse blicken und die Leitungen vom Umwerfer und Schaltung sehen. Zudem sollte da auch noch ein Verteiler im Unterrohr stecken. Glaube aber nicht, dass der Akku wegen seiner Länge auch ins Unterrohr eingeschoben wurde.