Ich glaube das liegt daran dass Längen- und Breitengrad vertauscht sind. Hier:
[out:csv(::lon,::lat,::id; false; ",")];
Zumindest vertauscht, wenn du es 1:1 kopieren und z.B. auf Google Maps anzeigen willst.
Das erste Beispiel für Kroatien: 15.9636766,43.8036976
Wenn du das auf Google Maps...